基督論的問題是三一爭議的延繼﹐雖然三位一體解決了東西教會分裂的問題﹐但沒有回答原先要解決的問題。若果聖子與聖父同質不同位格﹐那聖子耶穌到底是什麼呢﹖耶穌如何可以是神﹐亦同時間也是人呢﹖對於這個問題﹐當時的意見主要分為兩大陣營﹐一說法是聖父收養耶穌﹐而另一說法則是聖父化身成為耶穌。尼西信經中聖父聖子同聖同體﹐可以按不同詮譯得出這兩個不同的答案。於是早期教會再一次掀起新的爭議﹐代表雙方陣營分便是亞歷山大教會和得到羅馬教會支持的Antioch教會。

亞歷山大教會認為只有耶穌的神性完全吞食人性﹐人類的救贖才有可能實現﹐這稱為基督一性論(Monophysitism)﹐當時也很多知識較低的平信徒支持這個說法。Antioch教會則持相反意見﹐認為應該從歷史性去認識耶穌﹐保留耶穌人性的一面﹐並得到羅馬教會的支持。耶穌人神二性卻引申一些問題﹐人神二性必須有一個開始﹐而這個開始就在瑪利亞的子宮裏﹐ 於是推論出瑪利亞是神母親這個理所當然的結論。同樣耶穌為世人受難是史實﹐但神不可受到任何苦難﹐於是推論出只有耶穌的人性受苦的結論。由於耶穌的人神二性有把瑪利亞升格為女神的危險﹐而當時只有異教徒有對女神的崇拜﹐加上大部份信徒不能接受耶穌是人﹐於是亞歷山大教會與Antioch教會爭持不下。要到公元四五一年﹐教會召開Chalcedon會議才解決這個紛歧。

在Chalcedon會議中﹐教宗Leo I頒報一系列的內容帶有悖論性的教義﹐確定耶穌擁有完全的人性和完全的神性。決議的內容富有詩意文學色彩﹐對於澄清哲學上的爭議沒有多大幫助﹐反而產生不同版本詮譯的問題。東方教會對這個決議十分失望﹐在中東和埃及等地死硬支持基督一性論的教會與西方教會決裂﹐種下了日後當地人民變節改信奉回教的伏線。羅馬皇帝為阻止東西教會分裂﹐他採用了Leontius of Byzantium的拆衷解決辨法﹐在人性和神性上加上質(hypostatis)。耶穌擁有一質二性﹐分別有兩個自由意志﹐解決了人性神性同時存在的問題。

聖子的爭論暫時解決了﹐ 接下來論到應如何理解聖父的問題。在這個問題上倒沒有太大的爭論﹐自Dionysius在公元五百年提出有關神的論述以來﹐東西教會一直源用至今。他把新柏拉圖主義與基督教結合﹐將希臘神話中的諸神符號化﹐不以歷史性的方法去解讀﹐讓真理透過古希臘的智慧表達出來。他認為有兩認識神的方法﹐先把正面的意義歸納為神的屬性﹐再從反面否定人類的言語足夠去完全理解神。他的神學觀充滿階級性﹐從最高處的神往下走﹐一級級到最低層的罪人﹐而人類的救贖就是由下而上的旅程。他的神學亦同時帶有神秘色彩﹐教會的所有事物也是指向神的象徵﹐對日後東正教和拜占庭文化有很大的影響。

同時期還有兩位重要的神學家。Tertullian除了發明三位一體的方程式外﹐他還有幾項重要的神學思想。其中一項是原罪的教義﹐並把原罪與性扯上關係﹐間接促成教會千多年來的保守性觀念。另一項是天主教的聖靈實體化的觀念﹐聖靈可以通過聖事注入聖體和聖水內﹐再由人的口中進入靈魂內。另一個神學家Cyprian同樣也幾項重要的神學思想﹐成為中世紀天主教神學的雛型。第一項是異端教會和分裂教會領洗是否有效的問題﹐領洗的效力並非決定於施洗的人﹐而是客觀地從聖靈而來。第二項是宣稱教會之內沒有教恩﹐將教會從聖人組成的團體﹐轉變為發放教恩的機構。第三項是正統教會的宗徒承傳性﹐與合一的普世教會﹐聖彼得的教宗地位。第四項神職人員的獻祭功用﹐後來發展成為天主教的彌撒。

田立克在書中指出﹐在公元五世紀時的早期教會的神學﹐比較接近現今天主教的神學。基督教常說他們回歸早期教會的信仰﹐很顯是與事實不乎的說法。在這個時期的東西教會﹐已經出現信仰重點上的分歧。東方教會著重生死真假對錯的問題﹐西方教會則著重罪和救贖的問題。東方教會著重耶穌的榮耀﹐西方教會則著重耶穌的謙卑。西方教會著重人與神之間的規律﹐而這個如何解釋這個規律成為羅馬教宗權威的來源。